Расследование преступления возложили на Совет безопасности Нидерландов(DSB) и международную Объединённую следственную группу (JIT), которые пришли к выводу, что авиалайнер был сбит ракетой класса «земля-воздух» из зенитно-ракетного комплекса «Бук»с территории, контролируемой силами так называемой «ДНР». Согласно выводам JIT, данный «Бук» принадлежал 53 бригаде ПВО ВС РФ и был доставлен в Украину из России в день катастрофы, а после запуска ракеты, сбившей самолёт, был возвращён обратно на российскую территорию.
Государственная прокуратура Нидерландов обвинила в причастности к катастрофе гражданина России Игоря Стрелкова, командовавшего силами сепарастистов летом 2014 года, и троих его подчинённых (два гражданина России и один гражданин Украины).
Суд по делу начался 9 марта 2020 года в окружном суде Гааги.